La Universidad Nacional de Misiones tiene entre sus  objetivos promover la investigación, en consecuencia la Facultad de Ciencias Económicas instrumenta las acciones para incentivarlas, apoyarlas y realizarlas en beneficio de toda la comunidad y la propia institución.

La Secretaría de Ciencia y Tecnología es la encargada de fomentar, orientar y fortalecer la investigación científica y tecnológica en la Facultad.

Entre sus principales objetivos encontramos gestionar, coordinar y promocionar los medios para el desarrollo de tales actividades, así como también el promover la formación de Recursos Humanos para el ejercicio de la Investigación.